Steuerbegünstigte freiberufliche Tätigkeiten müssen strikt von anderen Leistungsbereichen getrennt werden. Das Auskunftsverweigerungsrecht gilt bei Betriebsprüfungen nicht, wenngleich ein Arzt die Grundsätze der Schweigepflicht wahren soll.
Gut 14 Milliarden Euro Mehreinnahmen erzielten die Betriebsprüfer der Finanzverwaltungen 2016, laut Bundesfinanzministerium stammen knapp drei Viertel der Einnahmen aus Großbetrieben. Entsprechend steigt mit der Größe des Unternehmens die Wahrscheinlichkeit, dass eine Prüfung stattfindet. Bundesweit wird etwa jeder fünfte Großbetrieb, jeder 15. Mittelbetrieb, jeder 30. Kleinbetrieb und jeder 100. Kleinstbetrieb geprüft. Welcher Kategorie ein Unternehmen zuzuordnen ist, bemisst sich nach Umsatz oder Gewinn, je nachdem welcher Abgrenzungswert zuerst erreicht wird. Für Freiberufler werden bis Ende 2018 folgende Grenzwerte zugrunde gelegt:
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Steuerlicher Gewinn |
Umsatzerlös |
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Großbetrieb |
Über 650.000 Euro |
Über 5.200.000 Euro |
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Mittelbetrieb |
Über 150.000 Euro |
Über 920.000 Euro |
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Kleinbetrieb |
Über 40.000 Euro |
Über 190.000 Euro |
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Kleinstbetrieb |
Bis 40.000 Euro |
Bis 190.000 Euro |
Die Hälfte der Mehreinnahmen entfällt auf die Gewerbe- und Körperschaftssteuern, zehn Prozent auf die Umsatzsteuer. Alle drei Steuerarten sind für freiberuflich tätige Ärzte grundsätzlich nicht relevant, sofern sie neben den diagnostischen und therapeutischen Leistungen keine steuerbaren Leistungen ausüben, z.B. Lieferung von Medizinprodukten, Lehr- und Vortragstätigkeiten, Gutachten ohne therapeutische Zielsetzung. Ob IGeL-Leistungen umsatzsteuerpflichtig sind oder nicht, hängt vom Vorliegen einer medizinischen Indikation ab, die ein Arzt feststellen und dokumentieren muss. So fallen Life-Style-Maßnahmen, die der Schönheit oder dem Wohlbefinden dienen, nicht darunter, patientenindividuelle Vorsorgemaßnahmen hingegen schon.
Um von der Umsatzsteuer befreit zu sein, kann die Kleinunternehmerregelung für Umsätze bis 17.500 Euro greifen. Eine separate Umsatzsteuer-Sonderprüfung ist möglich. Diese wie auch die Betriebsprüfung zählen zu den Außenprüfungen des Finanzamtes. Sie sollen dazu beitragen, dass die Steuergesetze gerecht und gleichmäßig angewendet werden.
Hinsichtlich der Gewerbesteuerfreiheit ist zu beachten, dass der Praxisinhaber die Praxisabläufe leitend und eigenverantwortlich prägt, insbesondere, wenn er eine Zweigpraxis eröffnet und Ärzte anstellt. Teilt sich der Praxisinhaber die unternehmerische Verantwortung mit anderen Ärzten in Form einer Partnerschaft oder Gesellschaft bürgerlichen Rechts, gilt dies analog. Das heißt, die unternehmerisch tätigen Ärzte dürfen ihre Verantwortung nicht auf angestellte Ärzte übertragen, wenn sie das Kriterium der Freiberuflichkeit erfüllen wollen.
Statistisch gesehen wird eine mittelgroße Arztpraxis etwa alle 16 Jahre geprüft, informiert die DATEV. Sie sollte darauf vorbereitet sein und neben einer ordnungsgemäßen Buchführung darauf achten, dass die Abrechnungsdaten von Patientendaten getrennt sind, um die Grundsätze der ärztlichen Schweigepflicht bestmöglich zu wahren. Privatärztliche Rechnungen sollten die GOÄ-Ziffern ohne Diagnose aufführen. Dem Patienten können Erläuterungen separat zugehen.
Grundsätzlich prüft das Finanzamt nach dem Zufallsprinzip. Das Risiko steigt jedoch, wenn deutliche Veränderungen sichtbar werden (z.B. große Schwankung bei Praxiseinnahmen, Erweiterung einer Einzelpraxis, Hinweise auf nicht-umsatzsteuerfreie Leistungen auf der Homepage) oder eine vorherige Prüfung eine hohe Steuernachzahlung bewirkt hat. Die Prüfung muss steuerlich korrekt erfolgen, das bedeutet, auch Prüfergebnisse zugunsten der Praxis sind möglich.
Meist kündigt sich der Mitarbeiter der Finanzverwaltung telefonisch an. Sollte ein Praxisinhaber befürchten, dass seine Buchführung fehlerhaft sein könnte, hat er zu diesem Zeitpunkt noch die Möglichkeit der Selbstanzeige und sollte dies mit seinem Steuerberater besprechen. Die Prüfung selbst erfolgt grundsätzlich in den Geschäftsräumen, also in der Arztpraxis, kann aber auch beim Steuerberater, in der Wohnung oder im Finanzamt stattfinden, wenn das Büro fehlt. Kommt es zu einer Nachzahlung fallen zusätzlich Zinsen an.