Ursache sind Mutationen in drei Genen, weshalb die Krankheit in drei Formen unterteilt wurde:
PFIC1 und PFIC2 manifestieren sich bereits in den ersten Lebensmonaten. Hauptsymptome sind Ikterus, Cholestase und Pruritus. Weitere Anzeichen sind wässrige Diarrhoe, Kleinwuchs, erhöhte Elektrolytkonzentration im Schweiß, Schallempfindungs-Schwerhörigkeit, Pankreatitis und Lebersteatose. Die Aktivität der Gamma-Glutamyl-Transpeptidase im Serum ist normal.
PFIC3 unterscheidet sich in soweit, dass die Krankheit erst im späteren Kleinkindalter, Kindesalter oder Erwachsenenalter auftritt. Die Aktivität der Gamma-Glutamyl-Transpeptidase im Serum ist bei Patienten mit PFIC3 erhöht.
Die betroffenen Gene sind alle in die Gallebildung beteiligter hepatozellulärer Transportsysteme involviert. PFIC1 steht in Verbindung mit Mutationen im ATP8B1-Gen am Genort 18q21, welches für das FIC1-Protein kodiert. Mutationen im ABCB11-Gen am Genort 2q24, das für das BSEP-Protein der Gallensalz-Exportpumpe kodiert, sind Ursache der PFIC2. In beiden Fällen lösen die Mutationen eine defekte Sekretion der Gallensalze aus.
Defekte Sekretion der Galle-Phospholipide sind Ursache für PFIC3. Hierfür verantwortlich sind Mutationen im ABCB4-Gen am Genort 7q21, das für das MDR3-Protein kodiert.
Die Prognose der Patienten steht ungünstig, da sie meistens vor dem Erreichen des Erwachsenenalters eine Leberfibrose mit terminaler Leberinsuffizient entwickeln.